Creen una base de dades per mesurar l’activitat genètica dels bacteris
Una nova base de dades d’accés obert creada per investigadors de la UAB i el CRG pot ajudar a detectar ràpidament quins són els gens defensius que s’activen o es reprimeixen durant la infecció bacteriana en humans i pot impulsar el desenvolupament de nous tipus d’antibiòtics.
06/11/2020
La base de dades DualSeqDB permet detectar si diferents tipus de bacteris utilitzen els mateixos gens per infectar a humans i d’altres mamífers, el que es podria aplicar en la identificació de dianes terapèutiques per al desenvolupament de nous tipus d’antibiòtics. Aquesta tecnologia es presenta en un nou article publicat a la revista Nucleic Acids Research.
“La pneumònia, la tuberculosi i d’altres malalties curables causades pels bacteris continuen essent un problema important i, tot i que moltes d’elles es tracten fàcilment amb antibiòtics, els bacteris continuen evolucionant i alguns s’estan tornant cada cop més resistents al nostre arsenal d’antibiòtics”, diu Benjamin Lang, investigador postdoctoral del Centre de Regulació Genòmica (CRG) i un dels creadors de la base de dades.
Segons els autors, la comunitat científica i la comunitat d’expertesa clínica poden emprar aquesta base de dades per identificar nous objectius farmacològics comparant com funcionen els processos d’infecció en espècies bacterianes no relacionades. La comunitat científica també pot afegir les seves pròpies dades experimentals a DualSeqDB per a què d’altres puguin accedir-hi i emprar-les més fàcilment.
“Les implicacions per a la salut pública que suposa quedar-se sense opcions de tractament amb antibiòtics són greus, especialment perquè estan apareixent soques multiresistents de patògens comuns en hospitals de tot el món”, diu el Dr. Lang. “Aplicar l’anàlisi de seqüenciació massiva en l’estudi de l’activitat genètica durant la infecció és un dels mètodes més accessibles per a descobrir nous tractaments”.
DualSeqDB es creà identificant i combinant conjunts de dades ja existents. Utilitzant un sistema d’eines computacionals ben definides, l’equip investigador estandarditzà les dades d’expressió gènica de diferents fonts per a què fossin directament accessibles.
“Creiem que hem creat la primera base de dades que conté informació sobre com els patògens i els seus hostes naturals canvien simultàniament la seva expressió gènica durant el procés d’infecció”, diu Javier Macho Rendón, investigador predoctoral de la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB).
Quan un patogen infecta un hoste, es desencadena l’expressió de gens específica que ajuda el patogen a replicar-se i assegurar la seva supervivència. Alhora, l’hoste activa mecanismes complexos de reconèixer i eliminar els patògens.
La comunitat investigadora pot seguir aquesta carrera armamentista durant el procés d’infecció utilitzant dades de seqüenciació massiva d’ARN, que són recopilats de manera simultània, tant dels bacteris com de l’hoste. Aquesta seqüenciació dual permet a la comunitat científica identificar nous trets a nivell molecular que no serien detectats d’una altra manera.
DualSeqDB fou creat per en Gian Tartaglia i en Benjamin Lang, al Centre de Regulació Genòmica (CRG), i en Javier Macho Rendón, Marc Ramon Llorens i Marc Torrent a la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB).
“Donat l’impuls actual de les tecnologies de seqüenciació en la recerca i la pràctica clínica, esperem que la nostra base de dades creixi i es converteixi en un repositori integral que ens ajudi en la lliuta contra les malalties infeccioses”, conclou el Dr. Marc Torrent, professor agregat del Departament de Bioquímica i Biologia Molecular a la UAB.
Enllaç a la base de dades:
DualSeqDB
Article de recerca:
Javier Macho Rendón, Benjamin Lang, Marc Ramos Llorens, Gian Gaetano Tartaglia, Marc Torrent Burgas, DualSeqDB: the host–pathogen dual RNA sequencing database for infection processes. Nucleic Acids Research. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa890